只有穿过针孔的光被聚焦于一点，而其余来自共焦显微镜的光则被遮盖部位吸收。如果目标物不在焦点上，光线会聚焦于偏离针孔的点，来自共焦显微镜的光束变宽，导致光线不再聚焦于针孔本身。这意味着到达受光元件的光线减少了。共焦显微镜会根据返回受光元件的反射光的强度，检测目标物是否位ꦍ于焦点。因此，只有来自目标物聚焦部位的光线会达到受光元件，而来自其他部位的光线则无法到达。